Phương pháp kế thừa: các tư liệu, thông tin hiện có trong nước và quốc tế cũng như phương pháp luận từ tất cả các nguồn và một số nghiên cứu của một số nhà khoa học của Việt Nam trong những năm gần đây, sẽ được thu thập, nghiên cứu và kế thừa;

Phương pháp điều tra, khảo sát và thu thập tài liệu thứ cấp: phương pháp này được thực hiện thông qua các đợt điều tra, khảo sát. Các tài liệu thứ cấp được thu thập từ các đề tài, dự án, bài báo khoa học trong ngoài nước.

Phương pháp chuyên gia: phương pháp này được thực hiện thông qua các hình thức như: hội thảo, họp nhóm chuyên gia, viết báo cáo, bài nhận xét, phỏng vấn trực tiếp, các ý kiến của các chuyên gia sẽ được ghi nhận và tổng hợp; đồng thời phối hợp chặt chẽ với các đơn vị phối hợp trong quá trình triển khai thực hiện;

Phương pháp thống kê và xử lý dữ liệu: Căn cứ vào các số liệu thu thập được từ các nghiên cứu trước đó và khảo sát tại thực địa, thực hiện xử lý thống kê phục vụ cho quá trình phân tích khi xây dựng các báo cáo, chuyên đề của nhiệm vụ;

Phương pháp phân tích, tổng hợp: sử dụng trong quá trình xây dựng các báo cáo, chuyên đề của nhiệm vụ, các tài liệu thu thập ở trên. Kết hợp với phương pháp kế thừa và quá trình điều tra khảo sát, thực địa, các thông tin sẽ được thu thập và phân tích cụ thể.

Phương pháp so sánh: sử dụng nghiên cứu so sánh các văn bản pháp luật và các hệ thống pháp luật khác nhau với nhau và với các quy phạm của luật quốc tế để làm sáng rõ sự giống nhau và khác nhau, xác định khuynh hướng phát triển chung của pháp luật, từ đó tìm ra sự tương đồng và khác biệt, giải thích nguồn gốc, đánh giá cách giải quyết trong hệ thống pháp luật.

Phương pháp mô hình hóa: nghiên cứu tìm hiểu các mô hình đánh giá sự phát tán ô nhiễm

Phương pháp sử dụng hệ thông tin địa lý (Geographcal Information System – GIS) để lưu giữ, phân tích, xử lý cơ sở dữ liệu trên máy tính và hiển thị các thông tin không gian (Spatial Data).

Phương pháp đánh giá nhanh: sử dụng những hệ số ô nhiễm môi trường để đánh giá tải lượng ô nhiễm môi trường của các nguồn thải.

Phương pháp xây dựng phần mềm tin học: được xây dựng theo nguyên lý‎ module. Ứng dụng công nghệ GIS tích hợp cơ sở dữ liệu môi trường và các mô hình lan truyền chất thải. Hệ thống thông tin địa l‎ý‎ (GIS) đóng vai trò nền tích hợp, giúp tổ chức thông tin không gian sao cho chương trình hiển thị bản đồ, các thuộc tính gắn với bản đồ, cung cấp kỹ thuật cho việc phân tích các lớp thông tin môi trường và hiển thị các mối quan hệ theo không gian và thời gian.